孔徑光闌位于顯微鏡下聚光鏡的透鏡組之間，聚光鏡前焦點(diǎn)平面處。用撥桿或調(diào)節(jié)環(huán)控制，并在聚光鏡外殼上標(biāo)有刻度。它能調(diào)整聚光鏡的數(shù)值孔徑相匹配與所用物鏡的數(shù)值孔徑相匹配。如影像的分辨率、反差、焦深和鏡像亮度處在zui佳狀態(tài)。如孔徑光闌開的過大，也會(huì)產(chǎn)生眩光，如影像景深小，反差降低，影響影像清晰度。因物鏡的數(shù)值孔徑與其分辨率成正比，故此會(huì)降低顯微照片的解像力。因此因入射光孔過小，會(huì)出現(xiàn)衍射現(xiàn)象，使顯微圖片的圖像失去真實(shí)性。
    調(diào)整孔徑光闌有以下三種方法：
    1）先將標(biāo)本調(diào)準(zhǔn)焦點(diǎn)后，從雙目鏡筒中抽出一個(gè)觀察目鏡，通過鏡筒直接觀察物鏡的后焦點(diǎn)平面。邊觀察邊縮小光圈，當(dāng)孔徑光圈像的直徑相當(dāng)于物鏡后焦點(diǎn)平面圓形圖像的2/3時(shí)為止。這種方法zui直觀，操作者可直接看到孔徑光闌的變化，以及與物鏡數(shù)值孔徑的比例關(guān)系。該法在操作上比較麻煩，更需小心謹(jǐn)慎，一旦失手很容易損壞目鏡。另外，經(jīng)常抽出目鏡，會(huì)使灰塵落入鏡筒內(nèi)。斜筒式顯微鏡灰塵會(huì)落在分光棱鏡上；直筒式顯微鏡，灰塵會(huì)直接落在物鏡后透鏡上。這些地方的灰塵都不易清潔。所以在顯微攝影中調(diào)整孔徑光圈，zui好不要使用這種方法；
    2）根據(jù)所用物鏡的數(shù)值孔徑，經(jīng)計(jì)算后。將孔徑光闌撥桿定在聚光鏡數(shù)值孔徑標(biāo)記的相應(yīng)位置。這種方法簡(jiǎn)單易行，容易掌握，特別適于初學(xué)者。與di一種方法相比，對(duì)于顯微鏡具有無傷害性安全操作，為此在顯微攝影時(shí)，我們推薦使用這種方法。
    3）有經(jīng)驗(yàn)的顯微攝影工作者，可以從調(diào)焦目鏡中觀察影像，邊調(diào)整孔徑光闌，當(dāng)影像的反差、景深和清晰度處于zui佳狀態(tài)時(shí)為止。這種方法操作簡(jiǎn)便，調(diào)節(jié)迅速，但是掌握這種方法并能達(dá)到準(zhǔn)確無誤的程度，必須具備豐富的顯微攝影實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)，否則容易步入誤區(qū)，認(rèn)為孔徑光闌收縮的越小，影像越清晰。因?qū)ふ覙?biāo)本拍攝部位和選用適當(dāng)?shù)姆糯蟊堵?，不同倍率的物鏡需要經(jīng)常轉(zhuǎn)換使用。所以顯微攝影時(shí)每次拍攝前都要重新調(diào)整一次視場(chǎng)光闌和孔徑光闌，同時(shí)應(yīng)對(duì)柯勒照明和光軸做一次檢驗(yàn)。這是顯微攝影中zui重要的也是zui基本的要點(diǎn)。